Als 1939 der Krieg ausbrach, häuften sich die Schwierigkeiten derart, so dass häufig vorübergehende Stilllegungen erforderlich waren. Durch den energischen Einsatz der Geschäftsführung und unter Nutzung aller nur denkbaren Unterstützungsmöglichkeiten der Hamburger Behörden gelang es dann trotzdem, den dritten Bauabschnitt, wenn auch teilweise nur unter Wegfall vieler vorgesehener Details, im Mai 1943 bezugsfertig zu erstellen.
Die reinen Baukosten für den gesamten Komplex des Sprinkenhofs betrugen insgesamt etwa 11 Mio. Reichsmark. Die Gesamtnutzfläche betrug insgesamt etwa 51.000 m². Die jährlichen Mieteinnahmen erreichten die Summe von rund 1 Mio. Reichsmark. Der fertiggestellte Sprinkenhof galt damit in Hamburg – und wohl auch in Deutschland – als das größte Bürogebäude.
Während der schweren Luftangriffe Ende Juli 1943 wurde insbesondere der dritte Bauteil besonders stark in Mitleidenschaft gezogen. Durch Funkenflug brannte der Flügel Johanniswall-Burchardstraße bis auf das Beton- und Mauerwerk aus. Ebenfalls wurde bei dieser Katastrophe auch die künstlerisch sehr wertvolle Außenfassade fast vernichtet.

Immerhin hat der Sprinkenhof im Verhältnis zu anderen in der Nähe gelegenen Gebäude trotz seiner Größe relativ wenig unter den Angriffen gelitten. Insgesamt erhielt der Sprinkenhof acht Volltreffer durch Sprengbomben. Außerdem kamen noch Beschädigungen hinzu, die durch Bomben verursacht wurden, die in unmittelbarer Nähe detonierten. In einer Aktennotiz aus dem Jahre 1949 ist dazu weiter zu lesen: „Darüber hinaus ist noch ein erheblicher Nutzungsschaden eingetreten, dessen Höhe mit Rücksicht auf die noch nicht abgeschlossenen Verhandlungen mit den einzelnen Mietern nicht angegeben werden kann.“
Es gelang der Geschäftsführung nur unter größten Schwierigkeiten, die Schäden nach und nach zu beseitigen. Dank der stabilen Bauweise überstand die Konstruktion diese und zahlreiche weitere Schäden und konnte nach vollendetem Wiederaufbau erneut vollständig genutzt werden.